في فتوى للشيخ عبد العزيز بن باز -مفتي الديار السعودية الراحل-، حذّر فيها من إتباع خطى الطريقة الدسوقية أو البرهانية، وجميع الطرق الصوفية، حيث رأى أن الالتزام بالشريعة والإكثار من تلاوة القرآن، وقراءة كتب السنة الصحيحة وكتب أهل السنة يكفي، والابتعاد تماماً عن كتب الصوفية لإن فيها من الباطل الشيء الكثير.
أما الجامع الأزهر فيظهر تأييداً واضحاً للطرق الصوفية بشكلٍ عام، فقد تقلد مشيخة الأزهر عدد من الصوفية مثل الإمام الأكبر «عبد الحليم محمود»،
كذلك تأييد الصوفية للأزهر من خلال مسيرات تأييد لشيخ الأزهر،
أو من خلال لقاءات تأييد بين شيخ الأزهر وشيخ مشايخ الطرق الصوفية.

لكن بالنسبة للطريقة البرهانية الدسوقية الشاذلية، فينسب لها الأزهر الكثير من المخالفات والممارسات والادعاءات التي توصل إلى الاتهام بالكفر الصريح،
وحذر الأزهر أنها تخالف تماماً الطرق الصوفية الأخرى وأنها طائفة منحرفة، كذلك أفتى الشيخ عطية صقر أحد علماء الأزهر.
وقد حكم مجمع البحوث الإسلامية بمخالفة كُتبهم للإسلام وتكفير من يعتقد ما فيه.
وتتفق فتاوى دار الإفتاء المصرية مع فتاوى الأزهر تماماً، فدار الإفتاء لا ترى غضاضة في التصوف الشرعي الصحيح البعيد عن الخرافات
ومنها الطريقة الدسوقية،
وأفتت الدار برفض هدم أضرحة مشايخ الصوفية وعدم الاعتداء عليها.
وعدت الفتوى عشرة أضرحة شهيرة بمصر، من أهمها ضريح إبراهيم الدسوقي.
وقد وصل الأمر إلى كشف بعض المصادر الصحفية المصرية عن أن الطريقة البرهانية تعمل لحساب إيران لنشر المذهب الشيعي الاثنا عشري في مصر بتمويل من رجال أعمال،
حيث وصل الأمر إلى درجة تأليه الإمام علي بن أبي طالب،
وذلك بجانب تصريحات من مشيخة الطرق الصوفية وجماعة أنصار السنة المحمدية بمحاولات اختراق الشيعة للعوام من الصوفيين المصريين
شهيرة النجار